Η Β΄τάξη χωρίζεται σε επαγγελματικούς τομείς. Το πρόγραμμα διδασκαλίας της Β΄ τάξης περιλαμβάνει κοινά για όλους τους μαθητές μαθήματα γενικής παιδείας και μαθήματα των επαγγελματικών τομέων. Οι μαθητές υποχρεούνται να παρακολουθούν τα κοινά μαθήματα και όλα τα μαθήματα ενός τομέα που επιλέγουν.

Η Γ΄τάξη χωρίζεται σε ειδικότητες. Το πρόγραμμα διδασκαλίας της Γ΄τάξης περιλαμβάνει μαθήματα γενικής παιδείας και μαθήματα ειδικοτήτων. Οι μαθητές υποχρεούνται να παρακολουθούν τα μαθήματα της ειδικότητας που επιλέγουν και τα οριζόμενα για την ειδικότητα μαθήματα γενικής παιδείας.

Σε γενικές γραμμές η δομή και το περιεχόμενο σπουδών του Επαγγελματικού Λυκείου κινείται από τάξη σε τάξη από το γενικό προς το ειδικό:

• Η Β’ Τάξη παρέχει και πάλι μεγάλο αριθμό ωρών γενικής εκπαίδευσης σε συνδυασμό με τα μαθήματα των εννέα τομέων που θα προκύψουν από τους τρεις κύκλους σπουδών της Α’ Τάξης.

• Στη Γ’ Τάξη η έμφαση δίνεται στην επαγγελματική εκπαίδευση καθώς οι περισσότερες ώρες θα καλύπτονται από τα μαθήματα των ειδικοτήτων που θα προκύψουν από τους τομείς της Β’ Τάξης. Παράλληλα θα διδάσκονται και μαθήματα γενικής παιδείας, κάποια από τα οποία θα είναι τα ίδια με αυτά του Γενικού Λυκείου και θα εξετάζονται, σε εθνικό επίπεδο, για την πρόσβαση στην τριτοβάθμια εκπαίδευση.

Τα αναλυτικά προγράμματα όλων των τάξεων του ΕΠΑ.Λ περιλαμβάνουν :

α)  σαφώς διατυπωμένους σκοπούς κατά μάθημα και

β)  διδακτέα ύλη επιλεγμένη σύμφωνα με τον σκοπό του μαθήματος, ανάλογη και σύμμετρη προς το ωρολόγιο πρόγραμμα και τις δυνατότητες αφομοίωσης των μαθητών, διαρθρωμένη σε επιμέρους ενότητες και θέματα. Κάθε αναλυτικό πρόγραμμα εργαστηριακού μαθήματος συνοδεύεται από παράρτημα, που περιγράφει τον απαιτούμενο εργαστηριακό ξοπλισμό για την υλοποίησή του.